Snahy o zřízení církevního gymnázia v Brně se objevily již za první světové války. Avšak až koncem třicátých let minulého století byla na popud tehdejšího brněnského biskupa Josefa Kupky zahájena stavba budovy Biskupského gymnázia na vrcholu Žlutého kopce v Masarykově čtvrti, na konci Barvičovy ulice, podle projektu architektů Oskara Pořísky a Jana Chomutovského. Finance na výstavbu pocházely výhradně ze sbírek ve všech farnostech brněnské diecéze. Za druhé světové války se budovy zmocnila nacistická okupační správa, zřídila zde technickou akademii SS a zároveň pobočku koncentračního tábora Osvětim.

Po válce byla stavba zcela dokončena a 7. prosince 1947 brněnský biskup Mons. Karel Skoupý slavnostně gymnázium otevřel a požehnal. Bohužel však jen na necelé tři roky.

V noci ze 13. na 14. dubna 1950 v rámci zásahu proti řeholním společenstvím a církevním institucím byla budova gymnázia násilně obsazena ozbrojenými jednotkami komunisty řízeného státu, kněží byli internováni, učitelé a žáci byli přeloženi na jiné školy. Gymnázium bylo zrušeno, budova byla předána nejprve armádě, v roce 1956 pak Stavební fakultě Vysokého učení technického.

Druhá část historie Biskupského gymnázia začíná ihned po pádu komunistického režimu. Na začátku února 1990 se sešla iniciativní skupina vedená PhDr. Petrem Hruškou, budoucím prvním ředitelem, která začala připravovat obnovení násilně zrušené školy.

V dubnu 1990, po předběžném souhlasu ministerstva školství, vydal brněnský biskup

Mons. Vojtěch Cikrle zřizovací listinu Biskupského gymnázia, jehož prvním sídlem se stala budova bývalého semináře brněnské diecéze na Veveří ulici 15. A právě tam bylo gymnázium slavnostně otevřeno v pondělí 3. září 1990 – téměř na den přesně sedm měsíců po první schůzce přípravné skupiny.

Budova na Veveří ulici by však rostoucímu počtu žáků kapacitně nestačila. Po dlouhých a složitých jednáních se podařilo na jaře roku 1991 získat zpět původní budovu na Barvičově ulici. Od září 1991 gymnázium působí právě zde. Budova tak opět začala sloužit tomu účelu, pro který byla z darů věřících lidí postavena.

Z Biskupského gymnázia se za třicet let jeho obnovené existence stala všeobecně známá škola.

V současné době gymnázium navštěvuje více než 800 studentů, v uplynulých letech zde úspěšně odmaturovalo více než 3 600 absolventů. Od roku 2015 je ke gymnáziu přičleněna i mateřská škola.

Na vrátnici školy je k sehnání brožurka s podrobnou historií školy.